По кадрам - штатное расписание, приказы на отпуск и увольнение/привольнение. Не помню - смотрели ли наличие ТК...., но могут. Понять надо одно - они НЕ проверяют соблюдение трудового закона, т.е. не будут высчитывать - правильно ли дали отпуск человеку. Они проверяют налоги/взносы страховые. ФСС обязательно проверит начисление и наличие выплат по б/листам, наличие самих листков. Что нашли у нас: когда массово сокращали работников и выплачивали пособие - бух недоначислил взносы и главное - потом уже поняв ошибку, никому не сказал. можно было исправить.... Проверки эти больше касаются бухгалтерии.
У нас ПФР проверял все трудовые книжки и все записи о работе в трудовых книжках, делали пометки для работников какие периоды страхового стажа нужно подтверждать из-за неверных записей или не читаемых печатей или неверно заполненного титульного листа и т.д., А ФСС проверял листки нетрудоспособности на правильность оформления, на подлинность, на правильность подсчета страхового стажа (особенно у декретниц). И на декретниц весь пакет документов (на каждуюю!!).И соответственно правильность расчета пособий.
Обычно контролирующие органы запрашивают всю первичную документацию (ПФР и ФСС) на основании которой Вы рассчитываете страховые взносы. Это начиная от Положения по оплате труда, приказов о приеме, личных дел сотрудников, графиков работы до ведомостей начислений зрп и расчета страховых взносов.ФСС проверяет Ваши расходы, а именно правильность расчета листков нетрудоспособности.